Fundado en 1949 por encargo del Gobernador de Chiapas Gral. Julián Grajales, a el ilustre botánico español, el Dr. Faustino Miranda, es un espacio dedicado a la investigación y difusión de la flora nativa de Chiapas, contando con un edificio de estilo funcionalista creado especialmente para albergar el Museo, En su interior resguarda el mural "Producción Agrícola" del muralista Héctor Ventura (Quien fuera Premio Chiapas) y considerado como patrimonio cultural. La colección de Maderas de Chiapas, única en su tipo en toda Latinoamérica es una de las más importante del país, además se encuentran 4 exposiciones permanentes más: El árbol, Plantas Medicinales, Flores de Chiapas y el Pabellón de Fitogenética y Cambio Climático. Éste museo presenta 6 exposiciones temporales al año, dentro de las cuales destacan: Exposición Hongos de Chiapas con más de 30 años de consecutividad, Orquídeas de Chiapas y El Paseo de Las Almas. Se ofertan visitas guiadas y atención a grupos escolares, talleres y ponencias y conversatorios en temas de materia ambiental.