El Museo cuenta con 2 Salas de exhibición permanentes, 1 Sala temporal, Auditorio, Oficinas administrativas, Áreas de Sevicios Educativos, Bodegas y Áreas de Investigación. La Sala de Arqueología expone el proceso de desarrollo de las sociedades prehispánicas que florecieron en el territorio que actualmente se conoce como Chiapas (Olmeca, Zoques, Mayas y Chiapanecas). La Sala de Historia muestra los diferentes periodos vinculados a procesos históricos que influyeron en el territorio desde siglo XVI a la primera mitad del siglo XX: conquista, colonia, independencia, reforma y revolución con piezas de excepcional importancia. Tambien integra piezas etnográficas. Entre los objetivos del museo, además de mostrar la historia y la arqueología del territorio actual de Chiapas, están proteger, difundir y conservar el patrimonio cultural tangible e intangible de la entidad. Los servicios que presta el museo lo han convertido en un centro de difusión cultural importante: visitas guiadas para escuelas, biblioteca especializada con temas de antropología e historia y un auditorio para actos de difusión cultural.