La existencia del Museo Zoológico, va de la mano con la aparición del mismo Instituto de Historia Natural y Ecología desde 1942, actualmente conocido como ZooMat. El Departamento de Viveros Tropicales y Museo de Historia Natural, tenía como fin la exhibición de fauna regional viva y disecada, donde la enseñanza y el aprendizaje de la naturaleza era lo más importante. Esta labor se vio interrumpida cuando en 1980 se crea el Centro Ecológico y Recreativo El Zapotal, y se traslada la institución a dicha área. En la nueva estructura se consideró un espacio para albergar al Museo Zoológico, que abrió al público en diciembre de 1981 para ser cerrado un año y medio después, por problemas en la construcción. El Museo Zoológico, después de haber permanecido cerrado por casi 20 años fue remodelado y configurado con una moderna museografía.